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CUDA-BLASTP está diseñado para acelerar NCBI BLAST para el escaneo de bases de datos de secuencias de proteínas mediante el aprovechamiento de la arquitectura paralela masiva de CUDA de las GPU NVIDIA Tesla. CUDA-BLASTP también tiene una utilidad para convertir una base de datos en formato FASTA en archivos que pueda leer CUDA-BLASTP.

Descarga e instalación

• Descargue CUDA-BLASTP
• CUDA-BLASTP Readme (Installation, User Guide)

Datos del análisis comparativo

La ejecución de CUDA-BLASTP en una estación de trabajo con dos GPU Tesla C1060 es 10 veces más rápida que la ejecución de NCBI BLAST (2.2.22) en una CPU Intel i7-920. Eso reduce el tiempo de cálculo: de minutos en las CPU, a segundos con las GPU.

Documentos

• A technical report about CUDA-BLASTP is coming soon from Nanyang Technological University, Singapore
• More publications on accelerating bio-informatics applications using GPUs

Foros de Discución

• GPU-based Molecular Modeling Community on GPUcomputing.net

Las aplicaciones del bioentorno de desarrollo Tesla pueden implementarse en supercomputadoras personales de escritorio basadas en GPU o en soluciones de centros de datos. Estas soluciones, incorporadas en la revolucionaria arquitectura paralela masiva CUDA, están diseñadas para acelerar el ritmo de la ciencia computacional.

CONFIGURACIONES DE HARDWARE RECOMENDADAS

Desktop Workstation Configuration	Data Center Configuration
GPUs 4 Tesla C2070 GPUs CPU and Main Memory 2.33 GHz Quad-Core x86 CPU 24 GB or more	Not applicable (CUDA-BLASTP is not yet MPI enabled)

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