CUDA en acción

CUDA para la investigación

Aceleración impresionante de la simulación de virus

		Los virus, causa de muchas enfermedades, son los organismos naturales más pequeños que se conocen. Debido a su simplicidad y al tamaño pequeño, los biólogos computacionales eligieron un virus para su primer intento de simular una forma de vida completa usando una computadora. Se trata del virus satélite del mosaico del tabaco, uno de los más pequeños. Los investigadores simularon el virus en una gota de agua salada usando un programa llamado NAMD (Nanoscale Molecular Dynamics o dinámica molecular en nanoscala) de la Universidad de Illinois en Urbana-Champaign.
Capa protectora de la proteína que envuelve el genoma viral	Estructura icosahédrica de la capa de la proteína

Las aplicaciones NAMD se han acelerado con CUDA, logrando aumentos impresionantes de hasta 330 veces en la velocidad, en comparación con una CPU de núcleo único al ejecutarse en un clúster acelerado por la GPU en el Centro Nacional de Aplicaciones de Supercomputación (NCSA). Los investigadores creen que este paso ayudará a la medicina moderna en sus esfuerzos por entender y tratar mejor las enfermedades virales.

Para obtener más información, visite: www.ks.uiuc.edu/Research/namd/

Sitios de iones (que aparecen en naranja) envolviendo el genoma viral, localizado usando un programa acelerado por CUDA