CUDA-EC en Tesla GPUs
CUDA-EC es una herramienta de corrección rápida de errores de secuencias paralelas para lecturas cortas. Corrige errores de secuencias en datos de lectura corta de alto rendimiento (HTSR, por su sigla en inglés) y acelera los HTSR mediante el aprovechamiento de la arquitectura paralela masiva CUDA de las GPU NVIDIA Tesla. La corrección de errores es un paso previo al procesamiento de muchas herramientas de ensamblado de fragmentos de ADN y es muy útil para las nuevas máquinas de secuencias de alto rendimiento.
Descargue e Instale
- Download CUDA-EC
- Installation instructions and user guide are also in the software download
Datos del análisis comparativo
La ejecución de CUDA-EC en una GPU Tesla C1060 es hasta 20 veces más rápida que la ejecución de Euler-SR en una CPU x86. Eso reduce el tiempo de cálculo: de minutos en las CPU, a segundos con las GPU. Los datos de la tabla siguiente representan tasas de error de 1%, 2% y 3%, que se indican con A1, A2, A3, etc., para 5 genomas de referencia diferentes.
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Documentos Técnicos
- "Accelerating Error Correction in High-Throughput Short-Read DNA Sequencing Data with CUDA , H. Shi et al: International Workshop on High Performance Computational Biology (HiCOMB 2009)
- "A Parallel Algorithm for Error Correction in High-Throughput Short-Read Data on CUDA-enabled Graphics Hardware, H. Shi et al: to appear in Journal of Computational Biology
- More publications on accelerating bio-informatics applications using GPUs
Foros
SOLUCIONES DE GPU
Las aplicaciones del bioentorno de desarrollo Tesla pueden implementarse en supercomputadoras personales de escritorio basadas en GPU o en soluciones de centros de datos. Estas soluciones, incorporadas en la revolucionaria arquitectura paralela masiva CUDA, están diseñadas para acelerar el ritmo de la ciencia computacional.
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