GROMACS es un paquete de dinámica molecular diseñado principalmente para la simulación de moléculas bioquímicas, como proteínas, lípidos y ácidos nucleicos que tienen muchas interacciones enlazadas complicadas. El puerto CUDA de GROMACS (que permite la aceleración de la GPU y ahora se encuentra disponible en versión beta) es compatible con PME (Particle-Mesh-Ewald), formas arbitrarias de interacciones no enlazadas, y métodos implícitos de Generalized Born solventes.
Descarga e instalación
Datos del análisis comparativo
La versión CUDA de GROMACS actualmente es compatible con una sola GPU y produce los siguientes resultados:
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| Datos cortesía del Centro para la Investigación de Biomembranas de Estocolmo |
Documentos y presentaciones
- M. S. Friedrichs, P. Eastman, V. Vaidyanathan, M. Houston, S. LeGrand, A. L. Beberg, D. L. Ensign, C. M. Bruns, V. S. Pande. “Aceleración de la simulación de la dinámica molecular para unidades de procesamiento gráfico.” J. Comp. Chem., 30(6):864-872. (2009)
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Se encuentra disponible como una solución de supercomputadora personal de escritorio que puede superar el rendimiento de un clúster de CPU de 32 nodos, o una solución de clúster que ofrece el rendimiento de una supercomputadora de gran escala convencional a un décimo del costo y un vigésimo del consumo de energía. Estas soluciones, incorporadas en la revolucionaria arquitectura CUDA, están diseñadas para acelerar el ritmo de la ciencia computacional.
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