GPU-HMMER en Tesla GPUs

GPU-HMMER es un software de bioinformática que realiza alineamiento de secuencias de proteínas usando HMM de perfiles gracias al aprovechamiento de la arquitectura paralela masiva CUDA de las GPU NVIDIA Tesla. GPU-HMMER es de 60 a 100 veces más rápido que HMMER (2.0).

Descarga e instalación

Datos del análisis comparativo

GPU-HMMER acelera la herramienta hmmsearch usando las GPU y obtiene aumentos de velocidad de 60 a 100 veces. GPU-HMMER puede aprovechar las múltiples GPU Tesla en una estación de trabajo para reducir la búsqueda: de horas en una CPU a minutos con una GPU.

Documentos Técnicos

"Evaluating the use of GPUs in Liver Image Segmentation and HMMER Database Searches, J. P. Walters, V. Balu, S. Kompalli, and V. Chaudhary: International Parallel and Distributed Processing Symposium (IPDPS), 2009
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Foros de Discusión

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SOLUCIONES DE GPU

Las aplicaciones del bioentorno de desarrollo Tesla pueden implementarse en supercomputadoras personales de escritorio basadas en GPU o en soluciones de centros de datos. Estas soluciones, incorporadas en la revolucionaria arquitectura paralela masiva CUDA, están diseñadas para acelerar el ritmo de la ciencia computacional.

CONFIGURACIONES DE HARDWARE RECOMENDADAS

Desktop Workstation Configuration	Data Center Configuration
GPUs 4 Tesla C2070 GPUs CPU and Main Memory 2.33 GHz Quad-Core x86 CPU 24 GB or more	Not applicable (GPU-HMMER is not yet MPI enabled)

SOLUCIONES PARA ESTACIONES DE TRABAJO
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