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CUDA-MEME en Tesla GPUs
CUDA-MEME es un software de descubrimiento de motivos basado en MEME (versión 3.5.4) que acelera MEME mediante el aprovechamiento de la arquitectura paralela masiva CUDA de las GPU NVIDIA Tesla. Es compatible con los modelos OOPS y ZOOPS en MEME.
Descargue e instale
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Datos del análisis comparativo
La ejecución de CUDA-MEME en una GPU Tesla C1060 es hasta 23 veces más rápida que la ejecución de MEME en una CPU x86. Eso reduce el tiempo de cálculo: de horas en las CPU, a minutos con las GPU. Los datos de la siguiente tabla corresponden al modelo OOPS (un caso por secuencia) para 4 conjuntos de datos.
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Documentos Técnicos
- "CUDA-MEME: Accelerating Motif Discovery in Biological Sequences Using CUDA-enabled Graphics Processing Units, Y. Liu, B. Schmidt, W. Liu, D. Maskell: Pattern Recognition Letters, October 2009
- "GPU-MEME: Using Graphics Hardware to Accelerate Motif Finding in DNA Sequences, C. Chen et al, Lecture Notes in Computer Science, Volume 5265, 2008
- More publications on accelerating bio-informatics applications using GPUs
Foros
SOLUCIONES DE GPU
Las aplicaciones del bioentorno de desarrollo Tesla pueden implementarse en supercomputadoras personales de escritorio basadas en GPU o en soluciones de centros de datos. Estas soluciones, incorporadas en la revolucionaria arquitectura paralela masiva CUDA, están diseñadas para acelerar el ritmo de la ciencia computacional.
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