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MUMmerGPU en Tesla GPUs
MUMmerGPU es un software de bioinformática para alineamiento de secuencias de alto rendimiento usando GPU. Acelera el alineamiento de varias secuencias de consulta en comparación con una sola secuencia de referencia mediante el aprovechamiento de la arquitectura paralela masiva CUDA de las GPU NVIDIA Tesla.
Descarga e instalación
- Download MUMmerGPU
- Installation instructions are also in the software download
Datos del análisis comparativo
MUMmerGPU (versión 2.0) proporciona un aumento de velocidad 3 a 4 veces superior en comparación con la ejecución de MUMmer en CPU. Los datos que aparecen en la siguiente tabla están basados en MUMmerGPU versión 1.0 y pronto se actualizarán.
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| Data Courtesy of University of Maryland |
Documentos Técnicos y Presentaciones
- "High-throughput sequence alignment using Graphics Processing Units", M. Schatz et al.: BMC Bioinformatics 2007
- "Optimizing data intensive GPGPU computations for DNA sequence alignment", C. Trapnell, M. Schatz: Parallel Computing Aug 2009
- More publications on accelerating bio-informatics applications using GPUs
Foros
SOLUCIONES DE GPU
Las aplicaciones del bioentorno de desarrollo Tesla pueden implementarse en supercomputadoras personales de escritorio basadas en GPU o en soluciones de centros de datos. Estas soluciones, incorporadas en la revolucionaria arquitectura paralela masiva CUDA, están diseñadas para acelerar el ritmo de la ciencia computacional.
CONFIGURACIONES DE HARDWARE RECOMENDADAS
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