CUDASW++ en Tesla GPUs
CUDASW++ es un software de bioinformática para búsquedas en bases de datos de proteínas Smith-Waterman que aprovecha la arquitectura paralela masiva CUDA de las GPU NVIDIA Tesla para realizar búsquedas de secuencias 10 a 50 veces más rápidas que NCBI BLAST. CUDASW++ admite longitudes de búsqueda de hasta 59K.
Descargue e Instale
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- CUDASW++ Release Notes (Installation, User Guide)
Datos del análisis comparativo
CUDASW++ puede aprovechar varias GPU Tesla y funciona entre 10 a 50 veces más rápido que NCBI BLAST, con lo que obtiene hasta 30 GCUP en longitudes de consulta superiores a 5000. Mientras que BLAST es un algoritmo heurístico, CUDASW++ realiza un alineamiento local óptimo usando el algoritmo Smith-Waterman.
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Documentos Técnicos
- "CUDASW++: optimizing Smith-Waterman sequence database searches for CUDA-enabled graphics processing units, Y. Liu, D. Maskell, B. Schmidt: BMC Research Notes 2009, 2:73
- More publications on accelerating bio-informatics applications using GPUs
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Las aplicaciones del bioentorno de desarrollo Tesla pueden implementarse en supercomputadoras personales de escritorio basadas en GPU o en soluciones de centros de datos. Estas soluciones, incorporadas en la revolucionaria arquitectura paralela masiva CUDA, están diseñadas para acelerar el ritmo de la ciencia computacional.
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