VMD en GPUs Tesla
VMD es un programa de visualización molecular para mostrar, animar y analizar grandes sistemas biomoleculares usando gráficos en 3 D y scripting incorporado. Varios kernels y aplicaciones clave en VMD ahora aprovechan la arquitectura paralela masiva de CUDA de las GPU NVIDIA. Estas aplicaciones se ejecutan a una velocidad 20 a 100 veces mayor cuando se usa una GPU CUDA NVIDIA que cuando se ejecutan apenas en una CPU.
Descarga e instalación
- Download VMD 1.8.7 Binaries (from UIUC)
- Release Notes
Datos del análisis comparativo
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| Datos cortesía del Grupo de Biofísica Teórica y Computacional (UIUC, Theoretical and Computational Bio-physics Group) |
Existen varios análisis comparativos detallados sobre VMD que usan GPU en la página de análisis comparativos VMD de NVIDIA.
Presentaciones
Existen varias publicaciones y presentaciones sobre la aceleración de la GPU en VMD y NAMD disponibles en http://www.ks.uiuc.edu/Research/gpu/#publications.
También vea transmisiones de audio de las presentaciones:
- De SC09: Aceleración de aplicaciones de modelado molecular con computación de GPU - John Stone, Beckman Institute for Advanced Science and Technology, Universidad de Illinois en Urbana Champaign
- De la Conferencia sobre Tecnología de la GPU de 2009: Visualización acelerada de GPU y análisis en VMD - John Stone, Beckman Institute for Advanced Science and Technology, Universidad de Illinois en Urbana Champaign
Discussion Forums
Entrevistas / vídeos
- BLOG de SC09 en NVIDIA nTersect: Estudio del virus H1N1 usando GPU NVIDIA
Soluciones de GPU
Se encuentra disponible como una solución de supercomputadora personal de escritorio que puede superar el rendimiento de un clúster de CPU de 32 nodos, o una solución de clúster que ofrece el rendimiento de una supercomputadora de gran escala convencional a un décimo del costo y un vigésimo del consumo de energía. Estas soluciones, incorporadas en la revolucionaria arquitectura CUDA, están diseñadas para acelerar el ritmo de la ciencia computacional.
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